任何一种技术，都有其本身的特点，有优点必然优缺点。现阶段微弧氧化的缺点是能耗高，其工作电压通常在400V以上，大的电流密度。高能耗对于实际生产的影响就是成本高。另外，难以进行大面积试件的微弧氧化处理。例如，一个表面积1平方米以上的样品，通常需要上百千瓦的电源才能处理，面积更大的则更难直接处理，或者意味着很高的处理成本。因此，一般微弧氧化所处理的样品多为高附加值样品或所需求的性能其它表面改性方法难以满足的。
另外，微弧氧化膜层颜色是另外一个问题。因为微弧氧化膜层为高温烧结而成，其颜色多是通过在溶液中添加特性的离子，通过高温烧结进入膜层引起膜层膜层变色。另外，基体中合金元素也会对膜层的颜色产生不可预估的影响，因此，微弧氧化膜层不能如预想的具有特别良好的可调性。且微弧氧化膜层颜色为亚光，而非亮光，与一般想想的黑、白、黄、绿等存在一定的差异。更有一点，为获取所想的膜层颜色，通常膜层需要一定的厚度，太厚或太薄都将影响颜色，因此在颜色与膜层性能方面还需有所权衡。
